自立支援医療受給者証の「指定医療機関」の欄に名前が記載されている医療機関および薬局のみで、自立支援医療を利用することができます。そのため、申請時に自立支援医療を利用する医療機関の指定が必要となります。
(1)世帯の単位認定
同じ医療保険に加入している家族を同一世帯とします。そのため、同じ住民票に記載されている家族でも、別の医療保険に加入していれば別世帯と見なされることになります。
(2)医療費の計算方法原則として医療費総額の1割負担となります。通院・入院で自己負担額は同額です。ただし、低所得世帯の場合は、1ヶ月間に支払う自己負担の上限額が、世帯の所得状況に応じて2,500円・5,000円のいずれかに設定されます。中間所得・上位所得層の方の自己負担上限額については、原則として医療保険の自己負担額（
高額療養費制度）の対象になりますが、長期間にわたる治療が必要である障害（
「重度かつ継続」の範囲）に該当する場合には、世帯の所得状況に応じて自己負担額の上限が緩和されます。
＊HIV感染症の方の場合は、「重度かつ継続」に該当となり、前年度の市区町村民税の所得割額により、自己負担上限額が5,000円、10,000円、20,000円になります。
(3)「重度かつ継続」について
「重度かつ継続」は、自立支援法において新たに設定された医療費の自己負担額の制度です。高額で長期間にわたる治療が必要な症状・疾病に該当する中間所得層以上の方について、世帯の所得水準に応じた月額の自己負担上限額を適用し、その負担を緩和するものです。 自立支援医療（更生医療・育成医療）の対象の中で、「重度かつ継続」に該当する範囲は、腎臓機能障害・小腸機能障害・免疫機能障害です。また、疾病等に関わらず、高額な費用負担が継続する方、医療保険の多数該当となる方についても対象となります。
(4)自立支援医療受給者証の発行
自立支援医療を申請後、身体障害者更生相談所で判定され、1ヶ月間に支払う自己負担上限額を市区町村役場が決定し、対象者に対して「自立支援医療受給者証」と「自己負担上限額管理票」（※注）が発行、送付されます。各自治体によって書類の形状が異なります。
※注：自己負担上限額管理表 指定医療機関の窓口などで支払った医療費を記入し、1ヶ月の自己負担額の上限を管理するための書類です。
(5)医療費の支払方法
指定医療機関や院外処方の薬局の窓口で「自立支援医療受給者証」と「自己負担上限額管理表」を提示してください。窓口で医療費の1割負担で料金を計算し、受給者証に記載してある1ヶ月間の上限額まで自己負担があります。支払い後は、窓口の職員が「自己負担上限額管理票」に、支払った金額、日付、医療機関名などを記載します。1ヶ月間に複数回受診があった場合、支払った医療費が上限額管理票に記載してある金額に達した以後は、請求はありません。
(6)入院時の食費負担
入院時の食費については、原則として自己負担となります。
